Theo Thanh tra Chính phủ (TTCP), Bộ GD&ĐT đã ban hành quyết định giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm đối với các sự nghiệp trực thuộc rất chậm. Trong khi đó, các trường ĐH nêu trên lại ban hành một số văn bản không phù hợp với quy định của Nhà nước, thậm chí căn cứ vào các quy định đã hết hiệu lực; quy chế chi tiêu nội bộ quy định một số khoản thu, chi không đúng quy định; ban hành văn bản quy định mức thu một số khoản học phí, lệ phí vượt mức quy định; quy định một số khoản thu có tính chất phí, lệ phí ngoài danh mục quy định của Chính phủ.
Đáng chú ý, trong công tác tuyển sinh đào tạo, các trường còn nhiều vi phạm như tự ý tuyển quá chỉ tiêu, không đủ điều kiện... Điển hình, trong công tác tuyển sinh, đào tạo sau đại học, một số trường có học viên trúng tuyển chưa đảm bảo điều kiện ngoại ngữ, kinh nghiệm công tác theo quy định.
Đối với việc liên kết đào tạo với nước ngoài, ở cả bậc đại học và trên đại học, nhiều trường cũng tồn tại vi phạm. Cụ thể, ĐH Nông nghiệp Hà Nội liên kết đào tạo với Hội đồng Liên đại học Cộng đồng Pháp ngữ có học viên chưa đảm bảo điều kiện ngoại ngữ. Tại ĐH Kinh tế TPHCM, có chương trình đào tạo cao học đã được Bộ GD&ĐT phê duyệt 20 năm nhưng vẫn chưa làm thủ tục gia hạn đào tạo, bổ sung các quy định về tiêu chuẩn, điều kiện dự tuyển cho phù hợp với chương trình đào tạo quốc tế sau bậc học. Những tồn tại này dẫn đến Khóa 18 của trường này (năm 2012) xuất hiện tình trạng 100% học viên không có chứng chỉ ngoại ngữ. Tại chương trình liên kết của trường này với đại học Victoria của Australia đào tạo cấp bằng cử nhân Kinh doanh khóa đào tạo IBBus 3.1 năm 2012 có trên 50% học viên không có chứng chỉ ngoại ngữ.