Đoàn sẽ thanh tra với các nội dung thu, quản lý, sử dụng và quyết toán các nguồn kinh phí do ngân sách Nhà nước cấp và các nguồn thu khác; hoạt động khám, chữa bệnh nội trú và ngoại trú; hoạt động dịch vụ khám, chữa bệnh tại các khoa, phòng bệnh viện; đầu tư, mua sắm trang thiết bị, thuốc y tế và vật tư tiêu hao.