Ngoài công việc, Tom khá kín tiếng về đời tư. Những năm gần đây, phần lớn thời gian của anh là trên phim trường, sống trong các khách sạn - đa số ở London (Anh), thành phố anh yêu thích kể từ khi làm phim Legend năm 1984. Tom Cruise có hẹn hò vài người nhưng không mối quan hệ nào kéo dài.
Tom Cruise hiện sống trong căn penthouse tại Florida.
Tom Cruise không còn định cư ở Los Angeles (Mỹ). Năm 2016, diễn viên bán các bất động sản ở đó, bao gồm tổ hợp biệt thự ở Beverly Hills với giá 39 triệu USD. Tom gần đây mua căn penthouse ở Clearwater, Florida - nơi cách trụ sở chính của giáo phái Scientology vài dãy nhà. Tom Cruise tham gia đạo giáo từ những năm 1980. Những người bạn thân của anh, giáo chủ David Miscavige và các thành viên gia đình Tom, trong đó có con trai nuôi của Tom - Connor (23 tuổi) - cũng chuyển về sống ở Clearwater. Dù chưa sửa xong căn hộ, Tom Cruise đã dọn vào ở. Vài người dân địa phương thấy anh thường xuyên đi dạo cùng các thành viên của Scientology. "Anh ấy có vẻ rất thư giãn khi ở đây", họ kể với People.
Ở thời đại mà mọi ngôi sao đều dùng Instagram, Twitter, Snapchat... để quảng bá hình ảnh, tiếp cận người hâm mộ, Tom Cruise không sử dụng mạng xã hội. Tom Cruise cũng ít chia sẻ về cuộc sống riêng kể từ sau vụ ly hôn ồn ào với Katie Holmes năm 2012.
Simon Pegg, bạn diễn của Tom Cruise trong Mission: Impossible - Fallout, nói trên People: "Cậu ấy là nhân vật bí ẩn. Mọi người suy đoán và tự đưa ra những sự thật về cậu ấy. Tom thực sự không làm gì cả. Cậu ấy lùi lại phía sau tất cả ồn ào".
Tom Cruise cũng rất thân với con gái nuôi Isabella (25 tuổi). Cô hiện sống tại London cùng chồng. Nguồn tin của People nhắc tới mối quan hệ của Tom Cruise và con gái Suri (12 tuổi): "Anh ấy yêu tất cả các con. Và mỗi đứa trẻ có quyền sống cuộc đời riêng mình". Suri đang ở Los Angeles và New York cùng mẹ, Katie Holmes. Nhiều năm nay, Tom Cruise không gặp Suri.
