Giai đoạn II, kể từ tháng 1/2018, sau khi Trường được UBND TP phê duyệt đề án tự chủ tài chính theo nhóm tự chủ tài chính toán phần, dự kiến mức thu học phí của trường sẽ được áp dụng theo mức học phí mới.
Cụ thể, các ngành thu học phí mức 4.4 triệu/tháng/sinh viên là Y đa khoa, Răng hàm mặt, Dược sĩ ĐH, Cử nhân khúc xạ. Những ngành áp dụng mức học phí 3 triệu/tháng/sinh viên là Cử nhân điều dưỡng (cả chính quy và vừa học vừa làm); Cử nhân ký thuật y học. Ngành cử nhân xét nghiệm y học được thu ở mức 3,6 triệu/sinh viên/tháng. Ngành thu học phí thấp nhất là ngành cử nhân y tế công cộng 2.5 triệu/tháng/sinh viên.
Như vậy, so với mức học phí giai đoạn I của năm học 2017-2018, giai đoạn II học phí của trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch tăng hơn rất nhiều. Thí sinh có nhu cầu vào học cũng cần tìm hiểu kỹ để cân đối ngân sách khi vào học.
