Theo thiết kế kỹ thuật, người dân xã Nguyên Khê sẽ vượt qua con đường này thông qua 3 vị trí là dưới cầu vượt đường sắt, trên cầu vượt Nguyên Khê và dưới cầu vượt Cà Lồ. Tuy nhiên, năm 2012, UBND huyện Đông Anh đã kiến nghị Bộ GTVT và UBND Hà Nội đề nghị bổ sung hai hầm chui dân sinh tại thôn Sơn Du và thôn Khê Nữ. Thời điểm đó, Bộ GTVT và Hà Nội đã khảo sát và quyết định bổ sung hầm chui tại km3 + 200, trên địa bàn thôn Khê Nữ. Đề xuất bổ sung hầm chui của người dân Sơn Du, theo ý kiến của Bộ Giao thông, là không khả thi vì phải điều chỉnh nâng cao mặt đường lên 3 m so với hiện tại trong phạm vi 400 m, không phù hợp với tiêu chuẩn kỹ thuật tuyến đường, phá vỡ quy hoạch chung hai bên tuyến của UBND thành phố Hà Nội.
Với người dân thôn Sơn Du, trong khi kiến nghị làm hầm chui bị bác bỏ, tuyến đường liên thôn đến hầm chui thôn Khê Nữ cách đó 1km cũng chưa hoàn thành, gây bức xúc. Đoạn đường nhựa nối hai thôn phía bên Sơn Du đã xuống cấp nghiêm trọng. Hiện tại người dân Sơn Du vẫn có thể đi qua đoạn đường này để sang làm đồng. Nhưng sau khi tuyến đường Nội Bài - Nhật Tân hoàn thành thì người dân Sơn Du phải đi lên hầm dân sinh cách đấy 1km mới sang được cánh đồng.
Để giải quyết đường đi cho người dân, đơn vị thi công đang khẩn trương thi công 3 ca để quyết tâm hoàn thành tuyến đường liên thôn tại khu vực này xã Nguyên Khê vào ngày 12/11 như chỉ đạo của ông Đinh La Thăng.
Không chỉ bổ sung một hầm chui trên tại xã Nguyên Khê (huyện Đông Anh), trên tuyến Nhật Tân - Nội Bài, Ban quản lý dự án 85 còn phải bổ sung thêm một hầm chui dân sinh tại xã Tiên Dương (huyện Đông Anh) vì người dân khiếu nại dự án làm mất đường đi.
Theo lãnh đạo Ban quản lý dự án 85, thiết kế cầu Nhật Tân được làm từ năm 2006 đã không tính đến lưu lượng phương tiện gia tăng quá lớn trên đường Yên Phụ như hiện nay, nên đơn vị thiết kế không lên phương án cầu vượt hay hầm ngầm qua nút giao này. Hạng mục bổ sung lớn nhất vào dự án cầu Nhật Tân là xây dựng cầu vượt trên đường Yên Phụ tại nút giao Phú Thượng để phục vụ phương tiện lên cầu Nhật Tân với giá trị hàng trăm tỷ đồng. Nếu không có cầu vượt này, hai luồng phương tiện lên và xuống cầu Nhật Tân sẽ bị xung đột, gây ùn tắc giao thông đầu cầu phía nam.
Trong buổi kiểm tra dự án cầu Nhật Tân cuối tuần trước, Bộ trưởng GTVT Đinh La Thăng đã thẳng thắn cho rằng, thiết kế nút giao phía nam cầu Nhật Tân là "thiếu tầm nhìn", cần phải sửa chữa để tránh ùn tắc giao thông như nút giao cầu Thanh Trì. Theo ông Thăng, sau khi một thứ trưởng Xây dựng cho rằng có khả năng ùn tắc tại nút giao này nên ông tiếp thu và chỉ đạo các cơ quan liên quan gấp rút bổ sung cầu vượt trên đê Yên Phụ.
