Trong các phản ánh Bộ Tài chính nhận được, có phản ánh về đơn vị thu phí sử dụng đường bộ để hoàn vốn các dự án BOT (xây dựng - kinh doanh - chuyển giao) và các đơn vị khác có một số sai phạm như: Thu phí không xuất biên lai/hóa đơn; thu tiền mức cao hơn số phí ghi trên biên lai; kê khai phí, lệ phí không đúng với số tiền thu được…