Năm 2016, ba người khởi kiện về Quyết định số 5891 của UBND TP.HCM công nhận HĐQT và Chủ tịch HĐQT trường Đại học Hoa Sen được bầu tại Đại hội cổ đông bất thường ngày 2/8/2014. Đồng thời, những người này khởi kiện quyết định đã không công nhận hiệu trưởng đối với bà Bùi Trân Phượng, công nhận hiệu trưởng đối với ông Lưu Tiến Hiệp.
Theo toà, quy trình bầu, bãi nhiệm, miễn nhiệm thành viên HĐQT của Trường Đại học Hoa Sen tại đại hội cổ đông bất thường đảm bảo quy định. Vì vậy quyết định của UBND TP ngày 9/11/2016 là đúng trình tự, thủ tục, thẩm quyền và có căn cứ pháp luật.
Về việc không công nhận bà Phượng mà công nhận hiệu trưởng đối với ông Hiệp, HĐXX xét trên hai khía cạnh.
Thứ nhất, vấn đề công nhận hiệu trưởng về trình tự thủ tục ban hành là đúng. Về nội dung, hội đồng quản trị có 7/7 thành viên bỏ phiếu kín đồng ý ông Hiệp là hiệu trưởng trường. Việc công nhận này đảm bảo các tiêu chuẩn về phẩm chất chính trị, đạo đức, tiêu chuẩn có năng lực quản lý, trình độ, sức khoẻ, đổ tuổi theo quy định.
Thứ hai, vấn đề không công nhận hiệu trưởng đối với bà Phượng, hội đồng quản trị trường đề nghị UBND TPHCM ra quyết định trên cơ sở thống nhất ý kiến (tỉ lệ 100%) của các thành viên hội đồng là phù hợp quy định pháp luật.
Từ những phân tích, nhận định trên, tòa không chấp nhận yêu cầu khởi kiện của bà Phượng, ông Cường.
