Về trách nhiệm dân sự, tòa tuyên buộc ba bị cáo phải có trách nhiệm liên đới bồi thường hơn 5,1 tỷ đồng cho Công ty CP Công nghiệp nông thủy sản Phú Yên.
Theo cáo trạng truy tố, ngày 15/10/2007, Võ Tân ký tờ trình xin Vinashin cho chủ trương đầu tư xây dựng đội tàu gồm 2 tàu 6800T và 2 tàu 4000T. Đến ngày 22/10/2007, Vinashin cho phép Công ty CP Công nghiệp nông thủy sản Phú Yên lập dự án đầu tư đóng mới 2 tàu 4000DWT. Tuy nhiên, mới chỉ được Vinashin cho phép lập dự án, nhưng trong ngày 22/10/2007, Võ Tân lập tờ trình xin khởi công, thực hiện đóng 2 tàu 4000DWT và được Phạm Thanh Bình bút phê “đồng ý”, dù dự án này chưa được phê duyệt và thẩm định.
Được sự đồng ý của Phạm Thanh Bình, Võ Tân và Dương Sơn Hoan ký 2 hợp đồng kinh tế mua thép để đóng tàu, nhưng do dự án đóng 2 tàu 4000DWT không được hoàn chỉnh hồ sơ để trình Tập đoàn Vinashin phê duyệt nên phải dừng thi công.
Trước đó, Công ty CP Công nghiệp nông thủy sản Phú Yên vay vốn mua sắt thép, tiến hành xuất vật tư đóng 1 tàu 4.100 tấn, nhưng đến tháng 10/2008 thì dừng thi công. Tổng giá trị khối lượng vật tư, nhân công và chi phí chung đã đầu tư đóng tàu là hơn 9,6 tỷ đồng. Đến ngày 22/6/2012, Công ty CP Công nghiệp nông thủy sản Phú Yên bán thanh lý tàu này, gây thiệt hại hơn 5,1 tỷ đồng.
Được biết, bị cáo Phạm Thanh Bình hiện đang thụ án 20 năm tù (kể từ năm 2012) về tội cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng trong vụ án xảy ra tại Tập đoàn Vinashin.