Bộ GTVT cũng yêu cầu hãng này giải quyết các hợp đồng vận chuyển, nghĩa vụ về tài chính. Air Mekong ngừng khai thác từ ngày 1/3/2013 để tái cơ cấu đội bay. Sau vài lần xin gia hạn giấy phép, hãng này đề nghị không bị hủy bỏ giấy phép trước tháng 1/2015. Tuy nhiên, sau thời điểm đó, đại diện của hãng không có động thái chứng tỏ sẽ hoạt động trở lại.
